A alfândega medeia os quarteirões que compõe a fachada de frente-rio do plano da vila, ladeada por doze sociedades piscatórias. A arquitectura racional, sóbria e rectilínea desenha ao longo da avenida uma composição apalaçada, de traço geométrico austero. Construída para marcar uma linha definitiva entre os dois reinos (Portugal e Castela), ou seja, uma linha fronteiriça. A fachada da vila, virada para o Guadiana, foi criada a partir do modelo da arquitectura de poder, experiência arquitectónica ensaiada nas fortificações e territórios do império ultramarino e que afirmam a arquitectura de estilo chã e a emergência dos engenheiros militares.

O edifício da alfândega é símbolo da ordem e da racionalidade arquitectónica que parte de uma geometrização da ocupação do espaço, pela utilização de módulos geométricos e matematização de proporções.